(1)昆虫抗菌肽：昆虫是最大的生物类群，其产生的抗菌肽数量巨大。迄今为止，已鉴定出鳞翅目、双翅目、鞘翅目、蜻蜓目等8个目、200多种昆虫抗菌肽；值得注意的是，仅从蚕 (*Bombyx mori*) 中就分离出了 40 个抗菌肽基因。
（2）哺乳动物抗菌肽：哺乳动物抗菌肽天蚕素P1于1989年首次从猪的小肠中分离出来。目前，已从猪中分离出至少18种，从绵羊中分离出30种，从牛中分离出30种。
(3)两栖类抗菌肽：两栖类拥有裸露的皮肤，具有多种功能。它们的皮肤分泌物含有大量具有多种生物活性的生物活性肽；其中大多数具有抗菌特性。它们代表了一种古老而有效的自然防御形式，通常被归类为抗菌肽。
(4) 来自鱼类、软体动物和甲壳类动物的抗菌肽：Pardaxin 是一种 35- 氨基酸-酸-残基肽，于 1986 年从摩西鳎鱼 (*Pardachirus marmoratus*) 中分离出来，是第一个从鱼类中分离出来的抗菌肽，具有能够膜透化的两亲性、阳离子 - 螺旋结构。它的功能是离子型神经毒素，并且已开发出一系列衍生肽，它们表现出比蜂毒肽更强的抗菌活性-和更低的溶血活性。
(5)植物抗菌肽：植物也产生结构与昆虫和哺乳动物中发现的防御素相似的抗菌肽；这些被称为植物防御素。大多数植物抗菌肽对植物病原体具有高度活性，但有些也对革兰-阳性和革兰-阴性细菌、真菌、酵母和哺乳动物细胞表现出毒性。硫堇是第一个从植物中分离出来的抗菌肽。
(6)细菌抗菌肽：又称细菌素，包括阳离子肽和中性肽，由革兰-阳性和革兰-阴性细菌分泌。细菌中已鉴定出四种类型的抗菌肽：杆菌肽、短杆菌肽 S、多粘菌素 E 和乳链菌肽。
