迄今为止，已从各种生物体中分离出 200 多种抗菌肽，其中 170 多种仅来自昆虫。这些肽根据其来源和结构特性进行分类。
具有螺旋结构的线性肽
天蚕素是第一个被发现的动物抗菌肽； Boman 等人从美国蚕蛾（*Hyalophora cecropia*）的蛹中分离出它们。 1980年。
富含特定氨基酸的线性肽
Apidaecins 是从蜜蜂中分离出的富含脯氨酸-的肽抗生素。它们通常由16-18个氨基酸残基组成，脯氨酸含量高达33%，精氨酸含量高达17%。 Apidaecins 对某些革兰-阴性细菌表现出很强的活性，但对革兰-阳性细菌无效。
含有单个二硫键的肽
这是一小类抗菌肽。第一个发现的这种类型的肽是 bactenecin，源自牛中性粒细胞。它含有 12 个氨基酸-包括四个精氨酸残基-并在第二个和第十一个残基之间形成二硫键。
含有两个或多个二硫键的肽
防御素是这一类的典型代表。最初发现的-防御素源自哺乳动物组织，通常含有29-34个氨基酸残基；六个保守的半胱氨酸残基形成三个分子内二硫键。此外，位置 6 和 15 处的精氨酸残基以及位置 24 处的甘氨酸残基是保守的。
羊毛硫抗生素
羊毛硫抗生素是由细菌产生的肽类抗生素；它们经过基因编码，在核糖体上合成，并经过-翻译后修饰以纳入特定的有机基团。其中乳链菌肽是研究最广泛的。
